Τα προβλήματα στη σχολική μάθηση που αντιμετωπίζουν οι μαθητές με μαθησιακές δυσκολίες διαφοροποιούνται σημαντικά ανάλογα με τον μαθητή το γνωστικό αντικείμενο και την εκπαιδευτική βαθμίδα. Αφορούν κυρίως τον χειρισμό του γραπτού λόγου (ανάγνωση, γραφή) και σε ορισμένες περιπτώσεις τα μαθηματικά, ενώ αποτελούν τον πυρήνα για την ανίχνευση, τη διάγνωση και τη διδασκαλία.
Η δυσλεξία είναι η πιο κοινή μαθησιακή δυσκολία και το βασικότερο πρόβλημα που εμφανίζουν τα παιδιά με δυσλεξία είναι η δυσκολία ανάγνωσης σε επίπεδο λέξης. Βέβαια, σε γλώσσες όπως η ελληνική, όπου υπάρχει αντιστοιχία μεταξύ γράμματος και φωνήματος, σημαντικές δυσκολίες εμφανίζονται κυρίως στην ορθογραφία.
Οι δυσκολίες αυτές δεν ξεπερνιούνται εύκολα στο δημοτικό και παραμένουν στη δευτεροβάθμια εκπαίδευση. Εάν δεν αντιμετωπιστούν αποτελεσματικά και έγκαιρα, διευρύνονται και ορισμένες χάνουν τον ειδικό χαρακτήρα τους και επηρεάζουν το σύνολο της μάθησης. Αυτό μπορεί να οδηγήσει στη δευτεροβάθμια εκπαίδευση σε συνολικά πολύ χαμηλό επίπεδο επίδοσης ή ακόμη και στη διακοπή της σχολικής φοίτησης.